UPT Pelatihan Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah mempunyai sejarah yang panjang. Pada masa orde baru di mana kementerian masih bernama departemen, Departemen Koperasi memiliki sejumlah perwakilan di setiap provinsi di Indonesia yang disebut Kantor Wilayah (Kanwil). Departemen Koperasi juga mendirikan sejumlah balai pelatihan di beberapa provinsi, salah satunya di Jawa Timur. Balai Pelatihan ini dinamakan Balai Latihan Koperasi disingkat Balatkop. Balatkop secara struktural berada di bawah Kanwil. Balatkop memiliki tugas utama mendidik dan melatih SDM agar menjadi ahli di bidang perkoperasian. Balatkop Jawa Timur didirikan pada tahun 1976 di daerah Malang yang terkenal dengan cuacanya yang sejuk dan tenang sehingga cocok sebagai tempat pelatihan. Kepala Balatkop pertama adalah Bapak Harsono yang menjabat hingga tahun 1979.

          Seiring dengan diberlakukannya otonomi daerah di Indonesia melalui Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah, maka Balatkop Jawa Timur diserahkan pengelolaannya oleh Pemerintah Pusat kepada Pemerintah Provinsi Jawa Timur, dalam hal ini menjadi bagian dari Dinas Koperasi, Usaha Mikro, Kecil dan Menengah Provinsi Jawa Timur.
Melalui Peraturan Gubernur (Pergub) Jawa Timur Nomor 128 Tahun 2008, diaturlah nomenklatur tentang Balatkop Jatim yang menjadi Unit Pelaksana Teknis Pendidikan dan Pelatihan Koperasi, Usaha Mikro, Kecil dan Menengah disingkat UPT Diklat Koperasi dan UMKM. UPT Diklat Koperasi dan UMKM tetap di bawah Dinas Koperasi dan UMKM dengan tugas pokok menyelenggarakan diklat, bimbingan, dan konsultasi bagi masyarakat koperasi.
Seiring waktu, pada tahun 2016 terjadi perubahan pada nomenklatur Dinas Koperasi dan UMKM Propinsi Jawa Timur menjadi Dinas Koperasi dan UKM. Kata mikro dihilangkan dengan maksud agar provinsi fokus pada pembinaan usaha skala kecil dan menengah saja. Dengan perubahan tersebut, nomenklatur UPT Diklat Koperasi dan UMKM berubah menjadi UPT Diklat Koperasi dan UKM Provinsi Jawa Timur.

          Pada tahun 2017 Kementerian Dalam Negeri melakukan penataan UPT di seluruh Indonesia termasuk di Jawa Timur. Dari hasil kajian dan dengar pendapat dengan Kemendagri, akhirnya diputuskan bahwa UPT Diklat Koperasi dan UKM Provinsi Jawa Timur tetap dipertahankan keberadaannya. Namun namanya dirubah menjadi UPT Pelatihan Koperasi dan UKM melalui  Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 44 Tahun 2018 tentang Nomenklatur, Sususan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah Provinsi Jawa Timur.